Konsten att destillera och framställa sprit är gammal. Det var ursprungligen egyptierna som kom på detta genom alkemin redan på 3000-talet f kr. Detta kunnande spreds sedan under medeltiden, framför allt genom korstågen, till Europa. Man tillverkade destillatet till en början främst av vin för att senare också använda mäsk av säd, framför allt korn.
Man vet inte med bestämdhet när destilleringskonsten kom till de brittiska öarna. Man vet däremot att kelternas förfäder hade kunnande om destillering och att de kallade sin eldiga dryck "uisge beatha" som är på gaeliska och betyder livets vatten.
Innan whiskyn började kallas just whisky på 1700-talet sa man "usquebaugh" som kan härledas till "uisge" som är en förkortning av "uisge beatha". Namnet "aqua vitae" förekom också och är på latin och betyder även det "livets vatten".

Man tror att whiskyns ursprung finns att hämta på Irland och inte i Skottland som man först skulle kunna tro. Traditionen säger att det var munken St. Patrick som lärde sig destillering redan på 400-talet under sina resor på kontinenten. Det påstås vidare att den engelska kungen Henrik II var den som tog med sig whiskyn hem då han besökte Irland på 1100-talet. Ingen vet dock med säkerhet då whiskyn nådde de brittiska öarna och när den kom till Skottland. De första skrivna källorna till ordet whisky på Skottland finns att finna från slutet på 1400-talet.
Destilleringskonsten spreds snabbt under medeltiden och alla drack enorma mängder. I början var det enbart de lägre samhällsklasserna som drack whisky. Whiskysmaken var något helt annorlunda på den tiden mot vad den är i dag. Det förekom ingen egentlig mogning och whiskyn var då yngre och hade en betydligt råare smak jämfört med dagens whisky.
Det var först i slutet av 1700-talet som man upptäckte att smaken kan förbättras om den får mogna några år i ekfat. Det var av en ren slump man upptäckte detta då ett bortglömt whiskyfat återfanns efter flera års glömska. Man trodde då att whiskyn var förstörd men till sin stora förvåning upptäckte man att whiskysmaken hade blivit både mjukare och fylligare till karaktären.

Böndernas överskott av kornskörden användes till sprittillverkning och blev en mycket viktig del av deras ekonomi. Unionen mellan Skottland och England bildades 1707 och många lagar som skulle reglera whiskytillverkningen infördes följande århundrade. 1713 fastslogs att den i England redan införda maltskatten även skulle gälla i Skottland.
Då det blev missväxt och allt korn behövdes till bröd, genomdrevs en av de viktigaste lagarna 1757. Den gällde förbud mot destillering. Men då lagen inte gällde husbehovsbränning gav den stora möjligheter för smugglare.
Därför togs nu en ny lag, en så kallad mäsklag, 1784, där man försökte lösa detta med skatter. Detta gav dock inte önskat resultat. På grund av diverse brister i lagen så fick den istället snarare motsatt effekt.
Man bestämde sig nu för att ta tag i saken på alvar och höjde skatterna och införde krav på destillerilicens även för husbehovsbränning. Skottarnas starka vilja att sköta sig själva syntes nu tydligt och man gjorde allt för att lura de engelska ämbetsmännen som var satta till att stävja smugglingen. Det var inte ovanligt att engelskmännen fick sätta livet till i kampen om whiskyn.

Kolonndestilleringsapparaten uppfanns av Irländaren Aeneas Coffey 1831 och han fick patent 1832. Denna teknik möjliggjorde tillverkning i en kontinuerlig process vilket fick ner priset betydligt mot tidigare. Man kunde använda både mältat och omältat korn tillsammans med andra sädesslag. Det var nu möjligt att placera destillerierna vart som helst då vattnets karaktärs betydelse var underordnad.
Trots att man nu kunde tillverka stora mängder whisky var irländarna kallsinniga, de tyckte att man fick en smaklös whisky. Skottarna däremot insåg betydelsen av den nya tekniken och det blev början till deras dominans på marknaden.
Whiskyn var till en början en dryck för bönderna. De med mer ekonomisk status drack företrädelsevis konjak och viner från Frankrike. Det skedde dock en förändring vid mitten av 1800-talet då whiskyn även kom in i de finare salongerna. En av anledningarna var att den amerikanska bladlusen drabbade de franska vinbönderna vilket ledde till att i stort sett hela den franska vinproduktionen slogs ut. Utan vin kunde man nu inte tillverka konjak och det skedde en radikal minskning i tillgången.
I de fina husen var det även populärt med spansk sherry och man kom snart på att de tomma sherryfaten kunde användas vid lagring av whisky. En ny smak uppkom då. Whiskyn fick då en smak som inte skilde sig mycket från fransk konjak.

I slutet på 1800-talet började en man vid namn Adrian Usher i Edinburgh att experimentera med att blanda olika whiskysorter och fann en dryck som var lättare till karaktären än den rena maltwhiskyn. Den kallades blends och dess popularitet ökade snabbt. Detta tillsammans med Irländarnas tröghet medförde att konkurrensen nu nästan helt var borta och den skotska whiskyn kunde lätt hitta nya köpare, även utanför Storbritannien, och nu öppnades ännu fler destillerier.
Denna uppgång varade dock inte särskilt länge. Ekonomins nedgång i hela Storbritannien medförde en allmän nergång och många destillerier tvingades stänga. Den nya blended whisky blev den populärare typen och klarade sig tämligen bra jämfört med den rena maltwhiskyn. I dag utgör blended ca 80 % av all såld skotsk whisky. Intresset för maltwhiskyn har dock ökat från mitten av 1900-talet efter en massiv marknadsföring från många bolag.
Skotsk whisky är Skottlands nationaldryck och whiskyindustrin är skottlands främsta exportindustri. Den är också Storbritanniens femte största industri. Exporten uppgår till ca en miljard flaskor, både blended och single, med en exportinkomst som överstiger 25 miljarder kronor och den skotska whiskyn säljs i dag i över 190 länder.